分子是由原子构成的。单质分子由相同元素的原子组成（构成），化合物分子由不同元素的原子组成（构成）。
分子的结构类型多种多样，常见的包括：
- 直线型：AB₂型所有原子处在一条直线上，键角为180°，例如二氧化碳 O=C=O。
- 平面三角形：所有原子处在一个平面上，三个周边原子均匀分布在中心原子周围，键角120°，例如三氟化硼 BF₃。
- 四面体：四个周边原子处在四面体的四个顶点，中心原子位于四面体中心，理想键角109°28'，例如甲烷 CH₄。
- 八面体：六个周边原子处在八面体的六个顶点，中心原子位于四面体中心，理想键角90°，例如六氟化硫 SF₆。
- 三角锥形：四面体型的一条键被孤对电子占据，剩下三条键的形状即是三角锥型，由于孤对电子体积较大，三角锥形的键角较四面体形的键角要小，例如氨 NH₃，键角107.312°。
- 四方锥形：八面体型的一条键被孤对电子占据，剩下五条键的形状即是四方锥型，例如五氟化溴 BrF₅。
- 角形：与直线型相对，两条键的三个原子不在一条直线上。
不同的分子具有不同的组成和结构，这决定了它们的化学性质和物理性质。例如，葡萄糖的分子式为 C₆H₁₂O₆，说明一个葡萄糖分子是由6个碳原子、12个氢原子和6个氧原子组成。其结构中含有多个羟基和一个醛基，这些官能团决定了葡萄糖具有还原性、能发生酯化反应等化学性质。又如，水（H₂O）分子是由氢原子和氧原子构成，由于氧原子的电负性较大，使得水分子中氢氧键具有极性，分子间存在氢键，这导致水具有较高的沸点、熔点，以及良好的溶解性等物理性质。
