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大家亲身经历了这场新冠热潮，新冠各类新闻经常霸榜各大媒体头条，可见社会关注度非常之高！

所以趁着这波热潮，小云今天就继续扯上“新冠”这面大旗，找找生信新思路

这次分享1个在新冠中做免疫细胞方向的6分+生信分析新思路——鉴定新冠中Th2细胞相关关键基因并进行药物筛选。背靠“新冠”大热点，再加上Th2免疫细胞的创新性，只需非肿瘤生信的最简单分析思路（ps：连免疫浸润分析都没有做，可想这是多简单的分析了吧），纯生信就能发到6分+，YYDS！（对新冠相关分析方向感兴趣的小伙伴点击文末链接就可以找到啦）。

题目：新型冠状病毒模式提供了一个新的评分系统，并预测胶质瘤的预后和免疫治疗反应

杂志：Computers in Biology and Medicine

影响因子：IF=6.698

发表时间：2022年11月

数据来源

研究流程

在新冠肺炎相关基因表达数据集中进行差异基因分析。xCell算法计算Th2在新冠肺炎中的富集分数。使用WGCNA获得与新冠肺炎和Th2细胞密切相关的模块重要基因，并与差异基因取交集获得共享基因，进行GO和KEGG分析。建立了PPI网络，并使用cytoHubba来鉴定在患者新冠肺炎感染期间与Th2细胞相关的中枢基因，使用ROC曲线和其他验证数据集来鉴定和验证中枢基因。最后利用cMAP数据库筛选潜在的新冠肺炎治疗药物，并通过分子对接模拟分析了药物对三个关键基因的结合能。

主要结果

1. 共享基因的鉴定

1）在2个发现集中进行新冠肺炎和对照样本间差异表达分析，获得1275 DEGs（图1A）。

2）利用xCell算法分析了新冠样本中64种免疫和基质细胞（包括Th2）的富集分数，并将Th2细胞的富集水平作为WGCNA的性状特征数据（图1B）。然后，以新冠肺炎和Th2细胞富集分数为疾病性状，利用WGCNA构建新冠肺炎和Th2细胞相关的共表达网络（图1C）。最终选择了五个密切相关的模块基因，与1275 DEGs取交集，总共获得648个共享基因（图1D）。

3）对共享基因进行了GO和KEGG富集分析（图2）。

图1共享基因的鉴定

图2 GO和KEGG分析

2. 中枢基因的识别和关键基因的验证

共享基因建立PPI网络，并利用cytoHubba插件在PPI网络上进行hub基因分析，获得20个hub基因（图3A, B）。在验证集中检测hub基因的表达（图4A），并利用ROC曲线分析3个关键基因对于新冠肺炎的预测准确性（图4D）。

图3 hub基因的识别

图4 关键基因的验证

3. 筛选潜在的新冠肺炎治疗药物

使用cMAP数据库筛选可能下调三个关键基因表达的候选药物，分子对接分析预测了潜在药物与三个关键靶标之间的结合模式（表3，图5A-C）。

图5 筛选潜在的新冠肺炎治疗药物

文章小结

这篇文章在新冠肺炎中鉴定 “新冠和Th2细胞关键基因”，并筛选潜在治疗药物。整体分析内容属于非肿瘤生信分析中最简单常规的套路，但扯上“新冠”大旗，再关联上“免疫细胞”的热点，最简单的纯生信也能发到6分+，性价比超值啊！可见只要疾病和分析方向选择的好，高分文章跑不了！所以趁着这波新冠舆论热潮，抓住机会上车吧！

了解更多生信思路请持续关注小云哦，更多生信思路请点击链接。风里雨里小云等你！

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