中国铁路总公司及其前身铁道部对宁蓉线的命名过程也是够折腾的，翻来覆去地改了很多次。先是2008年8月首段永宁镇至三十里铺开通时叫沪汉线合宁段；2009年4月长安集至喻家线路所段通车时被命名为沪汉线合武段（此段包括2010年3月通车的喻家线路所至汉口段）；2010年12月宜昌东至凉雾段通车时将这段命名为宁蓉线宜凉段，这是首次用“宁蓉线”来命名；2011年1月南京南至亭子山段启用时将其与沪汉线亭子山至三十里铺段合并并改名为宁蓉线合宁段（原沪汉线永宁镇至亭子山段更名为永亭线），但长安集至汉口段仍称沪汉线合武段；2011年2月沪汉线合武段也更名为宁蓉线合武段；2012年7月汉口至宜昌东段通车时将这段命名为宁蓉线汉宜段；2013年12月凉雾至胡豆堡线路所段通车时则突然画风一转，被命名为沪蓉线凉渝段，之前已经通车的宁蓉线合宁段、宁蓉线合武段、宁蓉线汉宜段、宁蓉线宜凉段线名也被分别改为沪蓉线合宁段、沪蓉线合武段、沪蓉线汉宜段、沪蓉线宜凉段。终于到了2014年11月，肥东至合肥南段通车，沪蓉线又恢复成宁蓉线的名称，肥东至长安集段与沪蓉线合宁段（指南京南至肥东段，而肥东至三十里铺段则被更名为合宁联络线）、合武段、汉宜段、宜凉段、凉渝段合并，统称为宁蓉线宁渝段。
至此，南京南至重庆北的沿长江快速铁路通道基本建成。之后，在2015年1月宁蓉线胡豆堡线路所至重庆北段和原属兰渝铁路工程的渭沱至重庆北段通车。2015年12月30日，渭沱至重庆北段与2006年5月通车的遂渝线遂宁至渭沱段、2009年9月通车的遂成线合并，统称宁蓉线成渝段。
至此，南京南至重庆北的沿长江快速铁路通道基本建成。之后，在2015年1月宁蓉线胡豆堡线路所至重庆北段和原属兰渝铁路工程的渭沱至重庆北段通车。2015年12月30日，渭沱至重庆北段与2006年5月通车的遂渝线遂宁至渭沱段、2009年9月通车的遂成线合并，统称宁蓉线成渝段。