在故事的开头，工藤新一被琴酒灌下了由雪莉研制的毒药，从此便有了柯南的开始。而他和小兰不得不进行长期的分别，虽然时间过了这么久，黑衣组织仍然没有任何崩溃的迹象，而且组织的真面目尚且十分模糊。柯南目前还没有找到任何对抗组织的办法。
