流域属于亚热带季风气候区,又靠近大海,多年年均降雨量达到1700毫米左右,但是降雨分布不均匀,夏季盛行的东南季风从海面吹来,带来了大量的水汽,形成的降雨,顺着山坡汇集成溪流最终流入闽江,这时的闽江水量充沛,且容易发生洪涝灾害,到了秋冬季盛行的西北季风从陆地吹来,水汽稀少带来的降雨很少,这个季节的闽江水量较少,容易产生干旱。