设定上是在十五年前，艾克斯与于虚空怪兽格利扎进行空前大战，由此引发了大事件“奥特耀斑”，由此造成地球上的火花人偶接连复苏，进而引发了巨大的灾难，而火花人偶研究学家大地夫妇，也由此消失，此事件过后，艾克斯失去了身体，化为了数据进入了未知领域中。
