克罗恩病的诊断需要一些相关的检查。除了临床病史外，患者还有发热、腹泻、胃痛和肿块，或结肠镜检查中发现的节段性病变，或x光、钡餐、灌肠、电脑断层扫描和核磁共振等体征。目前，CT虚拟小肠成像，或小肠核磁共振成像，可以看到小肠病变，看到节段性病变，基本上可以诊断为克罗恩病。克罗恩病的病理也有其自身的特点，主要是非干酪样肉芽肿，只要采取病理措施就可以得到证实。
