乙肝疫苗是否有效，与免费还是自费是没有关系的。免费的乙肝疫苗主要是用于新生儿乙肝疫苗接种，对于新生儿乙肝疫苗的免费接种是国家基础免疫规划中重要的内容，提供的疫苗都是合格的疫苗，接种后自然是会有效果的。但是，由于个体之间免疫系统的反应性不同，极个别的孩子接种后有可能不产生表面抗体。
