首先申明：小马宝莉的恋爱关系（简称CP）均出自马迷与同人杜撰。。
音韵公主*闪耀盔甲
玛蒂尔达*克兰奇笨笨驴子
以上两对为官方CP
以下为被普遍认同的CP组合：
云宝*苹果嘉儿：落叶组，虹林檎，起源是落叶长跑。
云宝*紫悦：都是书呆子。
云宝*柔柔：青梅竹马，云宝小时候保护柔柔。
云宝*碧琪：恶作剧组。
云宝*流星：闪电飞马成员，云宝还救过流星的苹果派。
紫悦*宇宙公主：师生组，宇宙公主对紫悦简直溺爱。
紫悦*夕晖烁烁：同门师姐。
紫悦*星光熠熠：都是魔法高材生。
紫悦*神通广大崔克茜：傲娇组，崔克西只有紫悦能管。
紫悦*碧琪：神棍组，科学狂魔紫悦在神一样的碧琪面前也是被整的料。
苹果嘉儿*瑞瑞：稀有林檎，起源同睡一张床，之后经常在一起秀恩爱。
苹果嘉儿*碧琪：苹果派，自从碧琪加入苹果家族之后好事不断。
柔柔*无序：只有柔柔能治无序。
柔柔*安吉尔：柔柔对安吉尔的溺爱不亚于公主对紫悦。
瑞瑞*穗龙：从第一集一直到第五季最后一集，穗龙永远的好龙，永远的备胎，希望他有朝一日能转正。
碧琪*起司三明治：派对组，都是派对狂魔，少见的男女搭配能被认同的。
麦托什*采妮老师：源于可爱军团的一场连理节闹剧。
麦托什*玉琪：沉默组，他们的交流方式只有他们能懂。
天琴*邦邦：一直秀恩爱，从未停止过。
奥塔维亚*维尼尔：音乐组。
神秘博士*小呆：源于同人广播剧，之后挺热门。
宇宙公主*月亮公主：姐妹组。
宇宙公主*无序：源于第四季大结局无序给宇宙公主献花。
甜心宝宝*小霸王：源于同人，后没了。