委员会下所辖四个部门,分别是军政部、政治部、军令部和军训部。除了军令部和军训部没有多少实权,被晋绥军出身的徐永昌以及桂系出身的白崇禧担任之外,在军政和政治部这两个实权部门上,皆是由老蒋的最信任嫡系担任。