父亲早早病逝后，林丹汗便继承了大汗之位，这一年林丹汗只有13岁。林丹汗继承大汗之位时，蒙古汗权早已不振，漠南的科尔沁部、内喀尔喀部、土默特部等诸多部落，早已不再臣服所谓的蒙古大汗，林丹汗也只能支配察哈尔各部，但也只是他们名义上的主而已;
为了消灭北元势力，朱元璋先后发动八次北伐，大幅削弱了北元的力量。同时，肃清国内残元势力，统一全国。当初留在中原及云南地区的蒙古人，被朱元璋强行实施了同化政策，着汉服，讲汉语，改汉姓，与汉人通婚杂居，很快便被彻底汉化。
明清时，蒙古族活动于长城以北，东起黑龙江、西抵阿尔泰山的辽阔土地。漠南蒙古自达延汗巴图蒙克之后，左、右翼蒙古就分成了互不统属的数个政治实体，其中达延汗的嫡系子孙掌握了察哈尔部，诸子则分掌诸部，如内喀尔喀五部、鄂尔多斯、土默特、喀喇沁等部落。
