与此同时，发生了大规模的针对华裔社群的暴力事件，对华裔社群的财产、生命和家庭造成了巨大的破坏。特别是在1998年5月中旬，印尼首都雅加达以及其他地方爆发了大规模骚乱，不法分子肆意洗劫华人和华侨的商店，对华人和华侨妇女进行攻击，其行为之残忍令人发指。
1998年5月13日，印尼境内突然发生大规模针对华人的暴力袭击活动。大量华人店铺被洗劫焚毁，许多华人妇女被强奸，其中甚至还有刚刚十岁的孩子，期间动乱分子还杀害了数以千计的无辜印尼华人，这一惨案令全球震惊。
1998年，印尼爆发排华风暴，造成30万华人华侨遇难。中国外交部发表严正声明:“不论印尼国内局势如何变化，中国政府尊重印尼国家主权和民族团结的立场是一贯的，只要印尼政府奉行温和稳健的政策，继续采取包容性对话和开放的方针，继续推进经济改革和民主政治建设，中印尼两国关系就能得到改善和发展。
