孙奇逢的祖父,孙氏八世祖孙臣,明代嘉靖辛酉举人,做过河东盐运司判等,为官以清廉著,过手钱财从不染指。父亲孙丕振做过训导学生的儒官,以诗礼传家。孙奇逢自幼从学于叔父成轩公孙丕基,孙丕基也做过儒学训导,为人醇厚性诚,其学出自庭训,自此孙氏一门书香大开,成为一方望族。