明正统六年，云南少数民族反叛，明英宗决定派兵征讨，命兵部尚书王骥主其事，首次以总督军务入衔。最初，总督只是中央派出的负责某一具体事务的临时官员，而且主要负责军事方面，与地方上的布政使司、按察使司等并无隶属关系。
清朝军队主要分八旗（满军）和绿营（汉军）两个系统。八旗又分京营（京师）和驻防（地方）两部分。驻防八旗驻扎于全国各重要之地，视情况不同设将军、都统、副都统、城守尉、防守尉等官。内地将军等只管军事，而驻扎边疆的将军等要兼管民政。
